一名神秘的疯狂幻想家赛布克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫企业号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢......

太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应

企业号队员又一次归队，进行另一次秘密行动。“克林根”帝国将老化，为求使它安稳，逼使向地球的联合会寻求和平会议。为安全起见，企业号队员被派作护航。途中，数名“克林根”人被暗杀，企业号船长却克与麦哥成为头号疑凶。各队员得赶快…