寇克船长奉命最后一次指挥企业号宇宙飞船对抗外星人对地球的大规模攻击，他召集旧部和新队员执行任务，双方展开了一场殊死战斗。第一部的前半部几乎全是讲科克船长召集旧部来执行任务，开场就是久违的企业号穿越太空，科克船长成功的掌握…

一名神秘的疯狂幻想家赛布克占领了一个遥远的星球，劫持星际大使作人质，强迫企业号宇宙飞船紧急出发，进入没有人做访过的未知宇宙去寻找传说中的上帝，但上帝到底是谁呢......

太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威胁。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的使命。他们发现怪声其实是座头鲸的呼唤，唯一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应

企业号队员又一次归队，进行另一次秘密行动。“克林根”帝国将老化，为求使它安稳，逼使向地球的联合会寻求和平会议。为安全起见，企业号队员被派作护航。途中，数名“克林根”人被暗杀，企业号船长却克与麦哥成为头号疑凶。各队员得赶快…