神谕局特工高云龙（阮颂扬饰）受命进入明朝，在寻找此前已去的好友曹小妹（陈嘉桓饰）的同时追查时空扰乱的组织阴谋，同时帮助，从而陷入东林书院与东厂的纷争，东林书院成员接二连三遭到谋杀，然而对凶手的查找却毫无线索，书院大哥叶敬…

神谕局男女特工穿越时空，对抗时空扰乱组织的阴谋，其间与明朝东林书院兄弟发生了一系列爱恨纠缠：女主因与古人坠入爱河自行切断与组织联系，试图逆转该人悲惨的历史命运，却身陷迷局；男主生性冷酷，任务为首，却在执行任务过程中被兄弟…