第1次冒险的3年后，数码世界又随即开始出现新的危机，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。原本被选中的孩子们都进入中学（阿武和小光没有），他们不能再长时间地守护数码世界和他们的数码兽伙伴。某日，一个自称数码皇帝的凶暴…