寻找101体〈Chemi〉！新骑士是操纵卡片的〈炼金术师〉！！【假面骑士Gotchard】9月3日诞生！！101张卡片进行形态变换！？高中生・一之濑宝太郎，前所未见的冒险故事。围绕著人工生命体Chemi的战斗开始！！

自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amaz…

校外旅行途中，乖乖女光子（特林德尔·玲奈饰）所乘坐的巴士突然被一阵狂风拦腰切成两段，光子刚好俯身捡东西所以幸免于难，但是秋等伙伴全部被齐刷刷地切去了上半身。惊慌失措的女孩夺路狂奔，一路上目睹了无数人被神秘之风杀死的惨状。…

由於身懷特殊能力，一個名叫宮的女孩被僱傭兵追殺。在逃跑的路上，她碰巧遇到出生在忍者世家中的石動律花。這些忍者一直隱居在僻靜之地，石動律花和她的祖父兵衛，也就是忍者家族的首領，決定為宮提供庇護，但親眼看見父親被僱傭兵殺害的…