在与戈鲁戈姆战斗后半年，本应取回的和平突然被怪魔界克萊西斯帝国打破。克萊西斯帝国的杰克将军想拉拢南光太郎作为部下，但光太郎不答应，于是杰克将军便将其变身机能破坏。变身机能破坏的情况下，光太郎被扔往宇宙。在即将变为宇宙尘埃…

　在一次战斗后，光太郎发现自己变回了BLACK，而且三神官也出现在自己的面前。原来，克莱西斯帝国为了消灭BLACK RX，便想办法让RX变回以前力量不怎么强大的BLACK，并借机消灭他。