明朝中叶，皇帝怒查军粮亏空，钦定为空印案。三法司衙（俗称六扇门）奉命追查，以季同归为首的捕头反被陷害，无奈之际隐姓埋名继续追查。案件明朗，东厂提督与国相先后叛乱，危难之际六扇门联合锦衣卫挺身而出。

退休后的考古队长郑文初被绑架至东南亚某第三国家进行黑市古董交易的真伪鉴定。郑文初出逃后联合武装警卫公司追缴了流失的国宝金印，并且阻止了黑势力盗掘皇陵的计划。