和人类社会并行存在一个精灵的世界，那里的水精灵一百年产一次卵，新孵化的卵化身为精灵继续庇护人类社会的繁衍生息。这一次第二皇子查克姆被选为水之精灵守护人，担负起精灵和人类的双重命运。然而由于人类社会的传史错误，查克姆被视为…

「一小时后的6点45分将发生地震。」图书馆管理员筱崎鲇美(贯地谷诗穗梨饰)接到了一通神秘来电。原以为这只不过是恶作剧，但挂掉电话的一小时后，这个神秘的预言却应验了。这时神秘男人再次来电，他自称为「风间」，为了改变命运，他从未…

调查神秘失踪事件的记者城户真司，被一只怪兽拉进镜内。在镜世界中，真司为假面骑士龙骑·榊原耕一所救，但榊原也身负重伤。临终前榊原把变身卡盒和13骑士名单托付给真司，希望真司能够阻止骑士大战。逃出镜世界后，真司开始寻找名单上的…

故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人…

制作假面骑士网站的真司突然察觉镜兽的出现，于是变身进入镜世界，但却出现一连串怪事：没有相反的镜世界景象，自称要守护人类、自由、和平的夜骑、铁兵、王蛇三人，还有带领着镜兽的神秘骑士Agito……