述踏上新冒险之旅的小智与皮卡丘，还有小刚等，路途上遇见楚楚可怜的女性“艾莉丝”，并一同前往象征“时空之塔”的白杨镇，在那里将举办口袋妖怪华丽大赛。然而，最近在白杨镇出现一个来历不明的口袋妖怪，他会让人与口袋妖怪昏厥并产生…

为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智，小光和小刚一行人来到了阿拉莫斯镇。他们在镇上遇见了一个名叫爱丽斯的漂亮女孩。爱丽斯带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影…

在这世界反面存在着的,像镜子一样的不可思议的世界……「反转世界」.那里是只有基拉帝纳居住的特殊空间.以那反转世界为舞台,迪亚鲁加和基拉帝纳展开了激烈的战斗! 为什么两只小精灵会战斗起来…….反转世界惊人的秘密究竟是!? 在持续旅行…

达莫斯背叛了前来接受生命宝珠的圣灵兽，不仅私藏了宝珠，还让口袋妖怪向它发起攻击。多年之后，圣灵兽从沉睡中醒来。“审判的时刻到来了，”说着它展开了报复。整个市镇不断爆炸，被烟雾所笼罩。达莫斯的后裔希娜把生命宝珠还给了圣灵兽…

在一片郁金香花园中，住着一位小精灵--桑贝琳娜（Thumbelina)。她和其它的精灵快乐地生活在自然中。花园里就要有新的小精灵出生了，她和她的朋友对此非常兴奋。突然，一架挖土机开始破坏她们美丽的花园！桑贝琳娜被迫和朋友逃出花园，来…

高兴是城市独生子女，骄蛮任性，怕苦怕累，缺乏爱心，但有学杂技的天分。高兴的班主任赵老师因势利导，说服高兴的父母让孩子报考军区杂技团。高兴进杂技团后，一下子难以适应艰苦训练和纪律约束。他还欺负小师弟小黑豆，嫉妒比他技高一筹…

正在伊修地区旅行的小智与皮卡丘、艾莉丝以及丹特，来到了城中央有着大地之剑之称的小镇艾因多奥克。这座小镇曾经是很繁荣的大地之民的王国，但是现在衰落了。小智一行人参加了艾因多奥克举办的收获庆典，就在这个里它们遇到了梦幻般的小…

为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续在世界各地旅行。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，在比赛的时候，小智多次得到一个…