冬树和KERORO小队一同去印加帝国的遗迹马丘比丘观光。冬树一向喜欢神秘事物，到了那里非常兴奋，而KERORO则依然满脑子想着如何侵略地球。他们在那里发现了一个未被开发的古代迷宫，但因为中了陷阱不得不仓皇离开，没能尽兴地探查一番。就…

KERORO军曹寄住在日向家，竟因沉迷高达模型而惨变家务工人，更意外释放了一个来自“K隆星”远古时代的神秘武器KIRURU，令到全球大乱，面临毁灭危机！这时候，唯一知道如何拯救地球的谜样外星人突然现身，联同KERORO部队调转枪头、发动一…