《新鬼武者》是继以织田信长为主题的三部曲完结后，另一个新故事的开始。故事叙述统帅幻魔大军纵横战国时代的幻魔王 织田信长，在本能寺被明智左马介消灭之后，原为信长部下的 丰臣秀吉 趁势崛起，在信长死后统一天下，危害世间的幻魔也…

高中生夏目本来可以拥有平凡的高中生活，但是，他却能看到妖怪，并因此而苦恼。很多次，他都差点被妖怪夺去性命。一次偶然的机会，夏目巧遇猫神。猫神告诉他，夏目的外婆玲子有一本“友人帐”上面记录了所有被玲子打败的妖怪的名字，玲子…

邪恶的机器狂博士指使强大的机器兵团侵占了美丽和平的惑星王国, 并将善良的人们变成了他的奴隶, 就连索尼敬爱的查克叔叔也不幸变成了机器人。 索尼利用叔叔留下的机器将自己改造成为"音速小子“……。