马尔科姆（沙美克·摩尔ShameikMoore饰）是一位决心不走寻常路的高中生，形式高调又异常古怪的他常常会成为众人眼中的怪胎，因此受到欺负和孤立，日子很不好过。对于马尔科姆来说，能够平平安安的度过高中的最后一个学年就是自己最大的心…

Mulder在医院被Fowley监管着。他想办法请来了Skinner和Kritschgau来帮忙，他们了解到Mulder拥有了CIA一直在研究的读心术。Scully在象牙海岸寻找治愈Mulder的办法。Mulder的病情加重了。

在电影FTF里出现的变种alien从一个基因技术研究公司的员工肚子里钻出来逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他带Mulder去找那个alien。Scully证明出Gibson可能是外星人（所有人类都可能是）。X档案现在由Spender和Fowley…

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。…

对Jeremiah Smith的持续搜索导致Scully发现了加密的数据文件，这些文件的目的还不清楚。杰里米被一个不为人知的刺客紧紧地追捕，带着穆德到加拿大农村一个偏僻的农场，而穿西装的男人决定了穆德夫人的命运。

联邦调查局助理局长沃尔特·斯金纳是一起谋杀案的主要嫌疑人，谋杀案涉及一名与她共度死亡之夜的妇女。穆德和史高丽是他唯一要证明自己清白的人，因为上级官员试图让他闭嘴，唯一的线索就是一个神秘的老妇人。

X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。 某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称…

美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一起离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明。从此穆德便专注于神秘事件的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，…