远月学园迎来秋季选拔，获得选拔资格的创真迎来新的挑战。

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下…

经过一番艰苦鏖战，救世主战部渡（瓦塔诺）终于和伙伴们打败了多古达及其暗黑军团，创界山（左开山）再次回复原本的秀美景色。在此之后，渡回到人类世界，和朋友们过着快乐的生活。然而好景不长，多古达的弟弟多坏达入侵与创界山息息相关…

稻叶夕士（阿部敦配音）是刚刚考入了东条商校就读的一年级男生，因为童年时代的不幸遭遇，稻叶一直以来都寄宿在亲戚的家中，过着寄人篱下的生活。如今，考上了寄宿制的高中，稻叶对未来自由的生活充满了憧憬。稻叶搬进了名为寿庄的公寓里…

虎水银太（熊井统子配音）是一位在学校不太受欢迎的中学二年级学生，他常常会做一个奇怪的梦，梦中自己来到了一个存在着精灵和咒语的魔法世界中。某日，银太像往常一样踏进教室的大门，准备开启寻常的一天，哪知道却在无意之中走入了通往…

曾经是顶级职业杀手的托雷（近藤隆配音），因为心爱的女人水无月沙耶（丰口惠美配音）之死金盆洗手。如今，他只是一个默默无闻的赏金猎手，但他“不详的黑猫”的名号在黑道中依然被口口相传。在搭档史恩（藤原启治配音）和同伴兼对手林斯…

乌丸千岁（千本木彩花配音）拥有着人见人爱的可爱外表，然而内心里却有着和外貌相差了十万八千里的黑暗和对人类的轻蔑。千岁想要成为一名声优，为了实现理想，她进入了声优事务所工作，却发现展现在眼前的，是一个充满了明争暗斗和尔虞我…

远月学园迎来秋季选拔，获得选拔资格的创真迎来新的挑战。